Prensip dezenfeksyon nan ipoklorit sodyòm sitou gen ladan twa aspè:
Hypochlorous asid fòme nan idroliz, ak asid ipochlorous dekonpoze plis pou fòme nouvo oksijèn ekolojik. Pwopriyete oksidasyon fò nan nouvo oksijèn ekolojik denatire sibstans tankou pwoteyin sou bakteri ak viris, kidonk touye mikwo-òganis patojèn.
Asid hypochlorous ka antre nan bakteri (viris) epi reyaji ak polymère òganik tankou pwoteyin bakteri (viral), asid nikleyik ak anzim, kidonk touye mikwo-òganis patojèn.
Iyon klori ki te pwodwi pa asid hypochlorous ka chanje siyifikativman presyon osmotik bakteri ak viris, sa ki lakòz selil yo pèdi aktivite ak mouri.